Orgánicamente la Universidad tiene una estructura, cuya principal autoridad es el Directorio Ejecutivo como máxima autoridad normativa y administrativa; seguido del Rector, quien es miembro del Directorio Ejecutivo, una Vicerrectoría Académica, una Vicerrectoría de Investigación y Proyección Social, una Vicerrectoría de Innovación y Educación Virtual y una Gerencia General con sus Gerencias y Departamentos Operativos
Académicamente está estructurada en Facultades y Escuela de Posgrados; estos son organismos encargados de conservar, fomentar y difundir la ciencia, la tecnología y realizar investigaciones en campos propios de la especialidad; las Facultades son grandes unidades académicas responsables de administrar la oferta educativa formal y no formal, en dependencia de la Vicerrectoría Académica; organizativamente cuentan con Escuelas y Departamentos; y para el desarrollo de su labor académica e investigativa, están coordinadas además, con Funcionarios y Autoridades de la Vicerrectoría de Investigación y Proyección Social, la Dirección Académica, la Gerencia General, y los Consejos Técnicos de las Facultades y Escuela de Posgrados respectivamente.
Otras autoridades son el Comité Ejecutivo, la Dirección de Capellanía Universitaria , Auditoría Interna, Asesoría Legal, Dirección de Calidad Educativa y el Consejo Académico, integrado por el Rector, los Vicerrectores, Decanos, Vicedecanos de las Facultades y Directores de las Áreas Académicas.
